回到现实世界的时空穿越者，终于又再次回到了神奇宝贝世界，三年以后，神秘岛对外开放，神秘岛的八人前往和小智，小茂，小蓝等相会，继续朝各自的梦想前进，与此同时，又有一个阴谋慢慢地浮出水面......赌上图鉴所有者的名义，守护我们和神奇宝贝共存的世界