2079年，距离x病毒爆发已经过去63年。 经过末日初期核武器的摧残，地表已经成为异人与丧尸的乐园。 总数只有末日前万分之一的幸存者组成联盟，倾尽全力建立了三个空中避难所让人类得以继续繁衍生息。 二月中旬，三大联盟首脑在空中堡垒举行会议，重返地表的计划提上日程，由三万人组成的巡逻队被派往各处进行清扫任务，丧尸、异人与人类的矛盾进一步激化。 在营养仓内沉睡了六十年的陆擎就在这种情况下被一个误入地底研究所的逃难者唤醒，开始了新的生活。