这是一个充满黑暗的宝可梦世界，各大家族把持精灵联盟，他们不断的打压那些有天赋的训练家以维护自己的地位。反派组织与其窜通一气，很多天才训练家被迫害被迫将自己的小精灵上交到联盟，自己被安排到偏远地区，并且要保证永远不能进行精灵对战。一些热血的训练家不愿屈服被联盟所害。而小智，这个热爱宝可梦的少年能否改变这一切？在这种情况下，小智又能否在这样一个世界绽放出自己的光芒（注：这个小智用平行世界理解就好，并非穿越者。）