故事开始于一座梦幻传奇的学园米原高中，我——凉宫千夏，灰姑娘本灰，通过了传说中大神级的考试，以第一名的身份来到这里。它是四大家族为培养优秀后代而创立的，身为四大家族之后的F4在学校里的地位便可想得知。...

梦想的校园透着捉摸不透的神秘，与贵族少年们的纠葛，引出了一场惊天大阴谋。这一切的一切，果然很奇怪。而且，最重要的是，竟然见到了柯南？这里的时空又是怎么回事？记忆又隐藏着什么样的秘密……

在与组织的一次正面交锋中，工藤新一失去了他的青梅竹马毛利兰。与此同时，在江古田高中有着怪盗基德身份的高中生黑羽快斗的身边，出现了一个名为黑羽兰的小女孩。她的身份究竟是？仍未彻底被覆灭的组织接下来又会有...

“我”叫时羽，是可以穿梭在各个世界的奇特的存在。当我来到名侦探柯南的世界，见证了工藤新一、毛利兰的永恒爱恋，也或多或少地改变了那里的时空的某些故事的最终发展。有些时候，“我”甚至发现自己成为了那里的某...