在与组织的一次正面交锋中，工藤新一失去了他的青梅竹马毛利兰。与此同时，在江古田高中有着怪盗基德身份的高中生黑羽快斗的身边，出现了一个名为黑羽兰的小女孩。她的身份究竟是？仍未彻底被覆灭的组织接下来又会有什么行动？继续在帝丹小学的江户川柯南（工藤新一）和黑羽快斗（怪盗基德），他们的生活渐渐地交集多了起来……