本作为《数码兽狩猎者》的续作，主角是以米娜为主。 　　在凯伊等人打败奥古杜兽，数码世界和人类世界总算恢复和平，而回到人类世界的大家也再次过上平静的生活。可直到一年以后，新的危机再次出现！但这次的敌人却是自称来自异世界，曾在远古时期被还未堕落的光明兽囚禁在黑暗区域的‘不死之王’！‘不死之王’为了实现自己的野心，想让‘禁忌之器’降临世间！ 　　然而‘禁忌之器’需要合适的人类容器，而米娜是最佳的首选。而作为‘容器’的米娜，被‘不死之王’的部下带到黑暗区域！为了救出米娜莱德等人和吸血魔兽，也分别在不同的‘指引者’传送至黑暗区域。 　　面对未知的可怕敌人，大家该何去何从？